Aquesta advocació mariana s’introdueix arreu d’Europa, a finals del segle XIV, per influència dels estudis escolàstics sobre la gràcia. A la nostra terra també és coneguda com la Mare de Déu de les Dones, perque una gran quantitat de dones portaven el nom de Maria Gràcia o simplement Gràcia.
Al bisbat de Girona, prescindint dels altars erigits amb aquesta advocació dins d’esglésies ja existents, a la segona meitat del segle XV, trobem la dedicació de la Font Santa de Jafre amb el nom de Mare de Déu de Gràcia l’any 1461. Amb la mateixa advocació a Lloret de Mar l’any 1472. Una capella d’Empúries és dedicada a la Mare de Déu de Gràcia l’any 1475.
Es conta la curiosa llegenda segons la qual la imatge de la Mare de Déu de Gràcia va ser portada pels àngels a Empúries des d’un poble de Castella, on no la tractaven prou bé. Els veïns d’Empúries, quan la trobaren, erigiren l’ermita que, anys a venir, havia de convertir-se en convent dels Servites.
És una advocació que els frares Servites propagaren per la comarca. Així doncs, el poble de Pontós, una vegada a l'any, tenia la seva romeria al santuari de la Mare de Déu de Gràcia d'Empúries, com gairebé totes les parròquies les tenien a un santuari més o menys llunyà. Es tractava de desplaçaments que implicaven pernoctar fora dels propis domicilis (Ho relata Josep M. Marquès en el seu llibre Una història de la diòcesi de Girona). A l'Escala, avui dia, encara es manté el carrer de Gràcia que era el camí per anar al santuari de la Mare de Déu de Gràcia a Empúries.
L’any 1601 a la capella de Santa Maria de Gràcia hi havia un benefici. La imatge que s’hi venerava era de terrissa, tenia tres pams d’alçada i sostenia el Fill, que estava nu, amb el braç dret.
El convent de monjos Servites de Santa Maria de Gràcia d’Empúries fou fundat l’any 1605 en una ermita, ja existent, amb aquesta dedicació: “la casa Capella y Ermita de Nostra señora de Gratia” com s’esmenta en el document de fundació.
El convent era a tocar les ruïnes de la Neàpolis grega, a ponent. La seva església era un gran edifici rectangular, amb contraforts en els murs laterals, construït amb pedres sense treballar i argamassa. Després de la desaparició de la comunitat monàstica va quedar en ruïnes. En l’actualitat part de l’estructura de l’església es conserva i serveix de sala del Museu Monogràfic de les excavacions.
La comunitat es va extingir l’any 1835. Al marxar els Servites la imatge de la Mare de Déu de Gràcia passà a l’actual església parroquial de Sant Martí d’Empúries, que començà a construir-se l’any 1507.