El Comtat d'Empúries va ser un comtat que s'estenia pel que avui és l'Empordà.

Conquerides les regions gironines el 785, les regions de Peralada i Empúries devien quedar sota l'autoritat del comte de Girona. El primer comte titular d'Empúries (en el que s'incloïa el pagus o territori de Peralada) fou Ermenguer cap el 813 i després va passar a Gaucelm del Rosselló (potser cap al 817) unint-se ambdós territoris. Cap al 835 va ésser cogovernat per dos comtes que van fer la partició corresponent: Empúries i Peralada a Sunyer I, i Rosselló i Vallespir a Alaric I. El 848 Guillem de Septimània, fill de Bernat de Septimània, ocupà el comtat, però el 850 morí i passà a comtes nomenats per l'Emperador fins que el 858 fou donat al duc i marquès de Gòtia Unifred. Desposseït aquest, tornà a passar a dos germans fills de Sunyer I que inicià la dinastia comtal i que també governà el Rosselló. A la mort del comte Gausfred I, aquest va repartir els seus dominis entre dos fills, i així Empúries restà separada del Rosselló.

L'últim comte de la dinastia, Ponç VI Malgaulí, morí el 1322 sense fills. La seva filla Marquesa no tingué successió i va morir el 1327. L'herència va recaure en una rama lateral representada per Hug VI de Cardona, que el 1325 va permutar el comtat per la baronia de Pego, la vila de Xaló i el llogarret de Laguar (tot al Regne de València) amb l'Infant Pere I comte de Ribagorça, que a la seva vegada el tornar a permutar amb el seu germà Ramón Berenguer I de Prades pel comtat de Prades el 1341.

Rebel·lat el seu fill Joan I d'Empúries contra el rei Pere III el 1381, va haver de capitular i el 1386 el comtat va ser unit a la corona, però li va ser retornat el 1387. Morts els seus dos fills sense descendència, en virtut de la clàusula de l'acord 1324 (quan es negociava la permuta amb Hug de Cardona) i del contracte de permuta del 1341, que preveien sempre que en cas d'extinció de la línia directa el comtat passaria a la corona, el 1402 va ser integrat en aquesta, donant el títol a la seva muller Maria de Luna que va ser comtessa del 1402 al 1407.

El 1409 el rei va empenyorar el comtat a la Generalitat i a la ciutat de Barcelona. El títol fou concedit per Alfons el Magnànim al seu germà Enric, que va morir el 1455. L'any següent la ciutat de Barcelona va renunciar als seus drets i el rei el va cedir el 1457 al seu nebot Enric d'Aragó i Pimentel, conegut com l'Infant Fortuna, primer duc de Sogorb.

Fidel al rei, va perdre el comtat durant la guerra contra Joan II del 1472 al 1474, però el va recuperar. Morí el 1522 i el va heretar el seu fill Alfons d'Aragó i Portugal casat amb l'hereva dels Cardona, Joana. El va heretar el fill Francesc d'Aragó i Cardona que morí el 1572 sense fills i l'heretà Joana, casada amb Diego Fernández de Córdoba, marquès de Comares. D'aquesta nissaga passarà als ducs de Medinacelli.

Ignacio de Medina i Fernández de Córdoba, fill de la 18a duquesa de Medinaceli, fou el 19è duc de Sogorb i el 53è comte d'Empúries (1987-2006).

Sol Maria de la Blanca de Medina Orleáns Bragança, filla de l'anterior, és la comtesa 54a de Sant Martí d'Empúries, des del 2006. Nasqué el 8 d'agost de 1986 a New York.

.