Es la más antigua de las iglesias del término de Sant Martí d'Empúries. Se la conoce por el nombre de “Basílica Paleocristiana”, ubicada en la "ciudad nueva" (Neápolis), de los siglos IV-VII dC. Este pequeño templo fue construido aprovechando  elementos de unas viejas termas, datables en tiempos de Augusto; en la época visigótica fue un poco reformado. No obstante eso y su estado ruinoso actual, es una muestra muy interesante de la arquitectura religiosa local paleocristiana.

So bien visibles el ábside, de planta semicircular profundizada, y el pavimento, de fragmentos de mármol. Inicialmente, este monumento cristiano, tenía 12 metros de largo por 5 de ancho. Dos departamentos flanquean el ábside, los dos pastoforis o sacristías, muy reducidas, situadas a cada lado, la prótesis (próthesis) al norte y el diaconión (diaconium) al sud. Se le añadió posteriormente una nave rectangular tripartida a levante y un vestíbulo; estas ampliaciones alargaron hasta 18 metros la longitud del edificio. Había un amplio nártex al pie de la nave y un vestíbulo de ingreso lateral (protyron). Esta nave tenía dos puertas, una al lado de mediodía y la otra, muy estrecha, a tramontana.

Esta iglesia era el centro de un extenso cementerio (cella memoriae). Hay tumbas en el interior del templo, y el pórtico también sirvió de cámara sepulcral. En el exterior, la necrópolis se extiende ámpliamente alrededor ocupando, sobretodo hacia tramontana, un espacio considerable del antiguo núcleo urbano de la neápolis. Las tumbas están dentro de cámaras sepulcrales, algunas construidas ad hoc en época paleocristiana y visigótica, mientras que otras aprovecharon muros de las edificaciones antiguas del lugar. Ciertamente, también están presentes, y especialmente nombrosos, grandes sarcófagos tallados en piedra arenosa, de forma rectangular y lisos, con tapadoras o piezas de cubierta monolíticas con dos vertientes y provistas de acroterios.

En esta capilla paleocristiana y visigótica, emplazada en la Neápolis d'Empúries, se descubrió una ara (mensa altaris) de 100x76 cm. Se trata de una pieza rectangular de mármol de Paros que había contenido un gran relieve. Rebajada la superficie esculpida en el anverso, y eliminadas así  las figuras que mostraba, se trebajó el reverso para dotarlo, en todo su alrededor, de un doble resalto, liso y de media caña, de fina moldura. Igualmente apareció en el presbiterio del edificio un basamento (cippus) de estatua, de piedra local, que contiene una inscripción conmemorativa del natalicio de la Legio VII Gemina. Que este soporte servió de base de altar para el ara que hemos descrito es casi seguro. Se descone el santo titular del edificio, si es que lo hubo.

De la misma tipología de la descrita, prácticamente idéntica, es el ara que hay en la iglesia de Sant Martí d'Empúries.